差额事业编制和全额事业编制的主要区别在于经费来源、稳定性以及包含的范围等方面，需要根据实际情况进行区分，具体如下：
1.含义不同：全额事业编制是指事业单位中没有收入或收入不稳定的事业单位，如学校、科研单位、卫生防疫、工商管理等事业单位，即人员费用、公用费用都要由国家财政提供。差额事业编制是指对有经常、稳定业务收入的单位采取全面核算、收支挂钩、以收抵支的管理形式。
2.稳定性不同：全额事业单位相对较为稳定，差额事业单位则存有的变化性十分大，对工作稳定性造成影响。
3.包含的范围不同：全额事业单位一般包含图书馆、档案局等内容，差额事业单位包括医院等有收入的又担负政府社会功能的单位，自收自支管理的事业单位，通常是原先国企的行业主管局。
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